世界で最も重いオウムを救うための次のフロンティア：ゲノム配列解析

ニュージーランドの風変わりで絶滅が危惧されているカカポが、約 40 年ぶりに同国本土に戻り始めています。カカポは世界で最も重いオウムで、中には 6 ポンドを超えるものもあり、寿命は最長 90 年です。ペンギンやダチョウのように飛べないため、カカポは木に登り、地上で木の実や種子を探して食べます。

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大きな緑色の夜行性の鳥は、かつてはニュージーランド全土に広く生息していましたが、狩猟によって絶滅寸前まで追い込まれ、猫や犬などの外来捕食動物に脅かされていました。雑誌『ポピュラーサイエンス』は、これらの「奇妙な」緑色の鳥は、1895 年 4 月の時点ですでに「早期絶滅の運命にある」と評しました。

ニュージーランド自然保護省（DOC）と南島のンガイ・タフ族が、捕食動物のいない5つの島で、現在約250羽のカカポの個体群を管理している。現在、21世紀の遺伝子科学を備えた研究プラットフォーム、ゲノミクス・アオテアロアが、ほぼすべてのカカポ個体群の高品質な遺伝子配列解析に資金提供している。これらの完全なゲノム配列が、この象徴的な鳥の健康管理にどのように役立つかに関する初期研究の結果が、8月28日にネイチャー・エコロジー＆エボリューション誌に掲載された。

遺伝子配列法の確立は、カカポの生存だけでなく、ニュージーランド全土および世界中の他の絶滅危惧種の生存にも役立つと期待されています。保全ゲノミクスは、この分野で成長しているトレンドの一部です。2019年、サンディエゴとハワイ大学のチームは、高度なDNA配列技術を使用して、ハワイに唯一残っているカラス科のアララ（ Corvus hawaiiensis ）の系統のほぼ完全なゲノムアセンブリを作成しました。この配列により、保全活動家はアララの病気への感受性、個体群レベルの多様性、遺伝的負荷に関する重要な手がかりを得て、政策をより適切に策定できるようになりました。

同じ情報がカカポの繁栄にも役立つ可能性があります。この 1 年間の取り組みにより、2 つの非常に重要な成果が生まれました。まず、チームはカカポの生態について深く理解することができました。また、高品質のコードと再利用可能なパイプラインも作成され、他の研究者が自分の研究にこれらの方法を迅速に使用できるようになり、ニュージーランドのゲノム能力が向上しました。

「カカポは病気や繁殖力の低下に悩まされています。これらの問題の遺伝的原因を理解することで、私たちは問題を軽減することができます」と、DOCのカカポ回復科学顧問アンドリュー・ディグビー氏は声明で述べた。「これにより、カカポのひなの成長や病気への感受性などを予測できるようになり、現場での管理方法を変え、生存率の向上に役立つでしょう。」

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ディビー氏は、カカポ125+プロジェクトは、遺伝子データが個体数増加にどのように役立つかを示すもう一つの例だと付け加えた。125は、プロジェクトが始まった2015年に生息していたカカポの数を指す。「開発された新しい遺伝子および機械学習ツールは、保護管理下にある他のタオンガの生産性と生存率を向上させるために適用できます」とディビー氏は述べた。

この配列解析技術は、オタゴ大学の微生物学者ジョセフ・グーリン氏と国際的な研究チームによって開発されたもので、ニュージーランド国外にも影響を及ぼす可能性がある。

「Google が開発したテクノロジーを使用して、世界中の絶滅危惧種に関するおそらく最高品質の変異データセットを実現しました」と Guhlin 氏は語ります。「このデータセットは、DOC と Ngai Tahu を通じて、カカポを研究する将来の研究者に提供されます。」